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一、企业有没有选择处理的权利？
对于企业搬迁的政府补助，依据《企业政策性搬迁所得税管理办法》（国家税务总局公告2012年第40号）规定：企业政策性搬迁，是指由于社会公共利益的需要，在政府主导下企业进行整体搬迁或部分搬迁。企业取得的搬迁补偿收入：是指企业由于搬迁取得的货币性和非货币性补偿收入。具体包括：（一）对被征用资产价值的补偿；（二）因搬迁、安置而给予的补偿；（三）对停产停业形成的损失而给予的补偿；（四）资产搬迁过程中遭到毁损而取得的保险赔款；（五）其他补偿收入
依据《企业政策性搬迁所得税管理办法》（国家税务总局公告2012年第40号）第四条规定：企业应按本办法的要求，就政策性搬迁过程中涉及的搬迁收入、搬迁支出、搬迁资产税务处理、搬迁所得等所得税征收管理事项，单独进行税务管理和核算。不能单独进行税务管理和核算的，应视为企业自行搬迁或商业性搬迁等非政策性搬迁进行所得税处理，不得执行本办法规定。
既然企业能够选择，那么一般在什么情况下选择按哪个文件适用呢？
我们从最简单的层面来说，企业收到政府补助，如果按搬迁来处理，则在完成搬迁的年度，对搬迁收入和支出进行汇总清算缴纳所得税；而如果按不征税收入处理，则在5年（60个月）内未发生支出且未缴回财政部门或其他拨付资金的政府部门的部分，应计入取得该资金第六年的应税收入总额。
这时候很明显的，假如搬迁是低于五年内完成的，则可以选择按不征税收入处理，从而递延更长时间缴纳所得税。
而假如企业有亏损，按搬迁规定，从搬迁年度次年起，至搬迁完成年度前一年度止，可作为停止生产经营活动年度，从法定亏损结转弥补年限中减除，也就是亏损五年结转的年度中止暂停，等搬迁完再接着计算。而对于按不征税收入处理来说，则没有这项亏损暂停中止的优惠了。假如企业有亏损，似乎按搬迁来处理更合适。
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